Établie à 39 mètres d'altitude, la gare de Bergerac est située au PK 607,48 de la ligne de Libourne au Buisson .

Gare de bifurcation, elle est située au PK 234,317 de la ligne de Blesme - Haussignémont à Chaumont. Elle est également l'origine de la ligne de Saint-Dizier à Doulevant le chateau partiellement exploitée en trafic fret. Son altitude est de 145 m.