La gare de Clisson est située au PK 26,296 de la ligne de Nantes-Orléans à Saintes. Gare de bifurcation, elle est aussi la gare origine de la ligne de Clisson à Cholet.

Gare de bifurcation, elle est située au PK 37,012 de la ligne Mâcon-Ambérieu, au PK 505,486 de la ligne de Mouchard à Bourg en Bresse, au PK 65,146 de la ligne Lyon Saint-Clair à Bourg en Bresse et enfin au PK 77,804 de l'ancienne ligne Chalon sur Sâone...

Gare de bifurcation, elle est située au PK 50,961 de la ligne de Blainville - Damelevières à Lure.